A AEGEE foi fundada em 1985 em Paris sob o nome EGEE (Etats Généraux des Etudiants de l´Europe). Naquela altura, a Comunidade Económica Europeia estava a crescer e um grupo de estudantes pensaram como poderiam criar uma plataforma através da qual os jovens pudessem transmitir às instituições as suas ideias e propostas sobre a Europa.

A EGEE estimulou muitos estudantes a estabelecer sedes (ou antenas) nas suas cidades e, um ano depois, o grupo de estudantes era já uma associação europeia com sedes em 6 cidades entre elas Madrid, Leiden, Londres, Milão e Munique.

A associação cresceu rapidamente por todo o continente devido também ao apoio de políticos e meios de comunicação. Em 1987, a EGEE, juntamente com Francois Mitteran, impulsionou o muito importante programa Erasmus. Em 1988, o nome passou a ser AEGEE. Desde 1990, a AEGEE apoia também a integração dos países do Centro e Este Europeu.

Em 1996, estabeleceu-se a sede central em Bruxelas onde os 7 membros do Comité Directeur ( Direcção da AEGEE-Europa) vivem e trabalham numa panóplia de projectos da AEGEE.